С 2000 года в ВВС РФ произошло три катастрофы МиГ-29 и пять аварий с полным разрушением самолета. В этих летных происшествиях погибли три человека.
22 марта 2001 года в 35 км северо-восточнее Ахтубинска (Астраханская область) из-за возгорания правого двигателя разбился МиГ-29УБ 929-го государственного летно-испытательного центра. Оба пилота остались живы.
19 июня 2003 года в Армавире (Краснодарский край) в ходе учебного полета экипаж МиГ-29УБ из 713-го учебного авиаполка не заметил утечки топлива в полете, после полной выработки горючего произошла остановка двигателей и самолет упал. Инструктор и курсант успели катапультироваться.
12 ноября 2003 года в Армении в районе горы Урасар при выполнении фигур высшего пилотажа МиГ-29 из состава 3624-й российской авиабазы вошел в штопор и упал, пилот погиб.
12 мая 2005 года группа МиГ-29 возвращалась с боевого дежурства над Москвой во время Парада Победы на свою базу в Андреаполе (Тверская область). При посадке один из пилотов на предельно малой высоте попытался выполнить не предусмотренную летным заданием фигуру высшего пилотажа «бочка», врезался в землю и погиб.
27 июля 2006 года МиГ-29УБ пилотажной группы «Стрижи» 237-го гвардейского Центра показа авиационной техники при взлете с аэродрома Большое Савино (Пермский край) столкнулся со стаей птиц, произошел помпаж обоих двигателей, экипаж катапультировался.
21 марта 2007 года над Миллерово (Ростовская область) столкнулись и упали 2 МиГ-29 из 19-го гвардейского истребительного авиаполка, пилоты остались целы.
17 октября 2008 года в районе села Хадакта (Читинская область) из-за разрушения киля в воздухе разбился МиГ-29 120-го истребительного авиаполка. Причиной стала коррозия и усталостные трещины киля. Пилот успел катапультироваться.
Вскоре, 5 декабря 2008 года, в районе поселка Ингода (Читинская область) по такой же причине разбился второй МиГ-29 из того же полка, на этот раз пилот погиб.
После двух аварий была проведена массовая проверка всех МиГ-29 ВВС России, в ходе которой выяснилось, что 70% (около 200 из 291 имеющихся в наличии) истребителей этого типа поражены коррозией. Полеты «МиГов» приостановили на длительный срок.