25 февраля 2014 года заключено Соглашение о сотрудничестве между Фондом перспективных исследований и Российской академией наук. Документ предполагает долгосрочное взаимовыгодное взаимодействие Академии и Фонда, направленное на поиск, отбор и реализацию научно-технических проектов в интересах обороны страны и безопасности государства.
Среди основных направлений сотрудничества- выработка приоритетных направлений прорывных научных исследований, согласованное взаимодействие с генеральными (главными) конструкторами по вопросам разработки и создания систем вооружения, военной и специальной техники, а также организация площадок, объединяющих научные центры и органы государственного управления для координации действий по достижению конкурентоспособных позиций в ходе внедрения результатов реализации проектов.