Система молниезащиты и заземления на космодроме Восточный уникальна. Ее разрабатывали с учетом климатических условий Амурской области: было просчитано количество грозовых дней в году и ударов молнии, приходящихся на квадратный километр. Практически вся система состоит из отдельно стоящих молниеотводов. Именно такое расположение обеспечивает первую категорию защиты стартовой позиции и комплекса заправки. Надежность дают высота конструкций и расстояние между ними.