Алексей Комиссаров, ранее занимавший пост Министра Правительства Москвы, руководителя Департамента науки, промышленной политики и предпринимательства г. Москвы, а также являлся советником мэра Москвы, был выбран на должность генерального директора Фонда по итогам открытого конкурсного отбора кандидатов, организованного Минпромторгом совместно с Агентством стратегических инициатив. Открытый отбор проводился Минпромторгом России совместно с Агентством стратегических инициатив (АСИ). В качестве основной методики поиска и отбора кандидатов была предложена разработанная АНО «Агентство стратегических инициатив по продвижению новых проектов» методика Открытого отбора.